Staphylococcus aureus subsp aureus str M013

The prediction was done using a set of srn genes identified from SRD RNA-seq analysis.

Numbers of SRD’S predicted srn sequences =

subject_seq_id	identity	length	mismatch	gapopen	query_start	query_end	subject_start	subject_end	evalue	bitscore
srn_4470_RsaX28	99.83	1177	2	0	2400623	2401799	1	1177	0.0	2163
srn_1670_Teg20as	99.50	1009	5	0	708089	709097	1	1009	0.0	1836
srn_0770_Teg18as	99.19	865	7	0	344534	345398	1	865	0.0	1559
srn_1580_sbrC	96.14	726	26	2	672460	673184	120	844	0.0	1184
srn_5020_sRNA401	99.82	568	1	0	2689479	2690046	1	568	0.0	1044
srn_3790_sRNA301	99.62	532	2	0	1903724	1904255	1	532	0.0	972
srn_3910_RNAIII	99.81	516	1	0	2046870	2047385	1	516	0.0	948
srn_1590_rsaC	95.90	537	21	1	672630	673165	1	537	0.0	869
srn_2130_rsaE	97.81	457	10	0	979907	980363	3	459	0.0	789
RNaseP	98.85	436	4	1	1490840	1491275	1	435	0.0	776
srn_4330_Teg36as	97.38	458	6	1	2312299	2312756	1	452	0.0	774
srn_0860_RsaOB	99.29	421	3	0	388800	389220	1	421	0.0	761
srn_4770_sRNA385	96.79	436	10	1	2575035	2575470	1	432	0.0	725
srn_5070_RsaX25	98.42	379	6	0	2740565	2740943	1	379	0.0	667
srn_2880_RsaOQ	98.91	366	3	1	1380270	1380634	1	366	0.0	652
srn_4050_artR	99.42	346	2	0	2156422	2156767	1	346	4e-179	628
tmRNA	98.05	359	7	0	837886	838244	1	359	5e-178	625
srn_3300_Teg70	98.86	351	1	3	1737250	1737600	1	348	2e-177	623
srn_0280_sRNA16	96.51	372	13	0	111095	111466	1	372	3e-175	616
srn_2250_sprG4	95.39	369	17	0	1015370	1015738	1	369	6e-167	588
srn_2560_sRNA212	99.37	319	1	1	1185696	1186014	1	318	1e-163	577
srn_4340_Teg23	98.70	307	4	0	2313135	2313441	1	307	4e-154	545
srn_1990_Teg40as	99.00	300	3	0	853435	853734	1	300	6e-152	538
srn_1350_Teg45	99.31	291	2	0	560146	560436	1	291	1e-148	527
srn_4830_Sau6072	98.64	295	4	0	2588823	2589117	1	295	2e-147	523
srn_3320_sRNA264	99.65	283	1	0	1754396	1754678	1	283	8e-146	518
srn_3360_sRNA267	98.59	283	4	0	1781186	1781468	1	283	8e-141	501
srn_3260_Teg69	98.90	273	3	0	1711104	1711376	1	273	7e-137	488
srn_4520_RsaX20	99.24	262	2	0	2438217	2438478	1	262	2e-132	473
srn_3280_sRNA260	99.23	259	2	0	1730985	1731243	1	259	9e-131	468
4.5S	100.00	253	0	0	490753	491005	1	253	9e-131	468
srn_2530_sRNA209	94.41	304	14	2	1158788	1159091	4	304	1e-129	464
srn_4100_sprG3	99.22	256	1	1	2169503	2169758	1	255	1e-128	460
srn_3350_sRNA266	100.00	246	0	0	1769393	1769638	1	246	7e-127	455
srn_4000_sRNA326	99.19	247	2	0	2143057	2143303	1	247	4e-124	446
srn_2970_sRNA235	99.58	240	1	0	1425384	1425623	1	240	7e-122	438
srn_2230_sprG2	98.35	243	2	1	1015111	1015353	1	241	5e-118	425
srn_4190_sRNA342	96.14	259	9	1	2221135	2221392	1	259	7e-117	422
srn_3950_Teg16	99.56	225	1	0	2065995	2066219	1	225	1e-113	411
srn_4980_Teg32	99.55	224	1	0	2677373	2677596	1	224	5e-113	409
srn_2450_Sau6229	97.49	239	6	0	1135386	1135624	1	239	5e-113	409
srn_4550_sprA2	98.28	233	3	1	2456225	2456456	1	233	2e-112	407
srn_0030_Teg35	99.12	226	1	1	13259	13483	1	226	7e-112	405
6S	100.00	218	0	0	1707640	1707857	1	218	2e-111	403
srn_1490_Sau6477	100.00	216	0	0	619132	619347	1	216	3e-110	399
srn_3490_RsaOE	99.10	221	1	1	1859900	1860120	1	220	4e-109	396
srn_0440_rsaK	100.00	212	0	0	205586	205797	1	212	5e-108	392
srn_3660_Sau6515	99.53	213	1	0	1933029	1933241	1	213	7e-107	388
srn_2520_Teg60	98.61	216	3	0	1156979	1157194	1	216	3e-105	383
srn_4300_sRNA349	92.57	269	14	3	2285813	2286080	1	264	1e-104	381
srn_4300_sRNA349	87.73	163	14	6	1989407	1989567	106	264	1e-45	185
srn_0930_Teg76	97.31	223	6	0	414155	414377	1	223	4e-104	379
srn_0050_Teg1	96.51	229	8	0	16569	16797	1	229	4e-104	379
srn_1810_Teg51	99.51	206	1	0	774966	775171	1	206	5e-103	375
srn_1210_sRNA106	99.51	205	1	0	512730	512934	1	205	2e-102	374
srn_0260_Teg15as	93.85	244	15	0	97727	97970	1	244	9e-101	368
srn_3390_Teg7	100.00	193	0	0	1815233	1815425	1	193	2e-97	357
srn_3190_Teg68	99.49	195	1	0	1696490	1696684	1	195	7e-97	355
srn_5010_Teg33	98.98	196	2	0	2684089	2684284	1	196	9e-96	351
srn_1640_rsaD	100.00	177	0	0	688522	688698	1	177	2e-88	327
srn_2950_Teg6	100.00	172	0	0	1406177	1406348	1	172	9e-86	318
srn_4740_sprA3	91.74	230	16	3	2562844	2563072	3	230	3e-85	316
srn_4090_sprF3	99.42	173	0	1	2169432	2169604	1	172	4e-84	313
srn_1080_RsaX05	94.15	205	11	1	459908	460111	1	205	2e-83	311
srn_2410_Sau6524	98.84	173	2	0	1110992	1111164	1	173	5e-83	309
srn_4460_Teg26	100.00	166	0	0	2391028	2391193	1	166	2e-82	307
srn_3050_sRNA242	100.00	163	0	0	1521944	1522106	1	163	9e-81	302
srn_2550_Teg80	100.00	159	0	0	1177985	1178143	1	159	2e-78	294
srn_1070_Sau41	100.00	156	0	0	459203	459358	1	156	7e-77	289
srn_9500_sRNA368	90.41	219	20	1	2440546	2440763	84	302	3e-76	287
srn_2330_Sau11	100.00	153	0	0	1064737	1064889	1	153	3e-75	283
srn_2460_Teg58	97.55	163	4	0	1141914	1142076	1	163	4e-74	279
srn_4160_Sau25	96.41	167	6	0	2200284	2200450	1	167	6e-73	276
srn_4160_Sau25	99.10	111	1	0	2082881	2082991	1	111	3e-50	200
srn_4160_Sau25	100.00	105	0	0	495367	495471	105	1	2e-48	195
srn_4160_Sau25	99.02	102	0	1	1951865	1951965	1	102	1e-44	182
srn_4160_Sau25	98.08	104	1	1	540156	540258	104	1	4e-44	180
srn_4120_Teg20	100.00	149	0	0	2176629	2176777	1	149	6e-73	276
srn_3780_Teg13	100.00	148	0	0	2029017	2029164	1	148	2e-72	274
srn_3040_Sau50	100.00	148	0	0	1517975	1518122	1	148	2e-72	274
srn_1550_Teg49	97.50	160	4	0	661194	661353	1	160	2e-72	274
srn_3550_Teg75	100.00	145	0	0	1885577	1885721	1	145	9e-71	268
srn_2660_sRNA219	99.33	149	0	1	1273461	1273609	1	148	9e-71	268
srn_2290_sbrA	99.32	148	1	0	1021764	1021911	1	148	9e-71	268
srn_2200_Sau6053	100.00	145	0	0	1002767	1002911	1	145	9e-71	268
srn_4670_RsaOT	99.32	146	1	0	2508920	2509065	1	146	1e-69	265
srn_1510_rsaA	100.00	143	0	0	629354	629496	1	143	1e-69	265
srn_4110_sRNA335	92.82	181	13	0	2173203	2173383	18	198	4e-69	263
srn_2580_Teg103	99.31	145	1	0	1196239	1196383	1	145	4e-69	263
srn_9340_sRNA287	96.79	156	5	0	1910734	1910889	1	156	2e-68	261
srn_0510_rsaG	100.00	137	0	0	237179	237315	1	137	3e-66	254
srn_3800_sprD	97.93	145	3	0	1905123	1905267	1	145	9e-66	252
srn_3140_Teg151	100.00	136	0	0	1599842	1599977	1	136	9e-66	252
srn_3210_sRNA254	95.51	156	6	1	1700003	1700157	1	156	1e-64	248
srn_3210_sRNA254	96.55	58	2	0	1700158	1700215	99	156	5e-19	97.1
srn_3210_sRNA254	94.44	54	3	0	1700217	1700270	103	156	4e-15	84.2
srn_2500_sRNA207	86.64	232	22	7	1785958	1786188	22	245	1e-64	248
srn_2500_sRNA207	84.06	251	32	6	1149556	1149804	79	323	9e-61	235
srn_2500_sRNA207	83.10	213	29	6	824969	825179	287	80	3e-46	187
srn_2500_sRNA207	83.50	206	26	6	1664977	1665175	205	1	1e-45	185
srn_2500_sRNA207	81.74	219	27	7	2320185	2320402	1	207	3e-41	171
srn_2500_sRNA207	83.33	174	24	4	2745211	2745382	294	124	8e-37	156
srn_2500_sRNA207	85.62	153	17	4	294102	294252	138	287	8e-37	156
srn_2500_sRNA207	81.25	160	16	6	1432123	1432280	148	1	4e-25	117
srn_3870_sRNA296	91.26	183	13	3	2038418	2038597	1	183	4e-64	246
srn_3870_sRNA296	88.82	152	16	1	1286733	1286883	32	183	1e-45	185
srn_3870_sRNA296	85.23	149	17	5	2320259	2320402	183	35	1e-34	148
srn_3870_sRNA296	81.08	185	27	6	1680302	1680480	183	1	2e-32	141
srn_3870_sRNA296	85.61	132	17	2	1286679	1286808	35	166	3e-31	137
srn_3870_sRNA296	85.25	122	14	4	1786066	1786183	122	1	8e-27	122
srn_2340_Sau59	100.00	128	0	0	1066341	1066468	1	128	3e-61	237
srn_4590_Teg28	99.22	128	1	0	2478033	2478160	1	128	1e-59	231
srn_3740_Sau6492	98.47	131	2	0	2002462	2002592	1	131	1e-59	231
srn_1910_rsaH	99.22	128	1	0	823622	823749	1	128	1e-59	231
srn_1520_Sau76	100.00	122	0	0	630256	630377	1	122	6e-58	226
srn_1760_sRNA149	98.43	127	2	0	753832	753958	1	127	2e-57	224
srn_4420_Teg25	99.17	121	1	0	2341650	2341770	1	121	9e-56	219
srn_2830_SbrB	100.00	118	0	0	1345136	1345253	1	118	9e-56	219
srn_3860_sRNA315	98.36	122	2	0	1573185	1573306	1	122	1e-54	215
srn_0590_sRNA37	94.33	141	6	2	266790	266929	1	140	1e-54	215
srn_2240_sprF2	99.13	115	1	0	1015296	1015410	1	115	2e-52	207
srn_4390_rsaOG	100.00	111	0	0	2328058	2328168	1	111	7e-52	206
srn_4440_sRNA361	99.08	109	1	0	2376724	2376832	1	109	4e-49	196
srn_2400_Teg37as	99.08	109	1	0	1109065	1109173	1	109	4e-49	196
srn_5000_Sau13	99.04	104	1	0	2683438	2683541	1	104	3e-46	187
srn_3460_Sau5949	98.11	106	2	0	1197160	1197265	1	106	1e-45	185
srn_3460_Sau5949	89.72	107	9	2	1840534	1840639	1	106	1e-30	135
srn_2540_sRNA210	98.11	106	2	0	1159297	1159402	1	106	1e-45	185
srn_2260_sprF4	95.65	115	5	0	1015665	1015779	1	115	1e-45	185
srn_2740_Teg108	100.00	98	0	0	1320223	1320320	1	98	1e-44	182
srn_0880_Sau5971	100.00	96	0	0	396650	396745	1	96	2e-43	178
srn_1770_rsaOC	97.98	99	2	0	753853	753951	1	99	7e-42	172
srn_4610_sRNA377	98.95	95	1	0	861229	861323	95	1	3e-41	171
srn_4610_sRNA377	98.95	95	1	0	2490673	2490767	1	95	3e-41	171
srn_4610_sRNA377	97.89	95	2	0	1286868	1286962	95	1	1e-39	165
srn_4610_sRNA377	97.89	95	2	0	2608706	2608800	1	95	1e-39	165
srn_4610_sRNA377	97.87	94	2	0	2782553	2782646	95	2	4e-39	163
srn_4610_sRNA377	96.84	95	3	0	2275271	2275365	95	1	6e-38	159
srn_4610_sRNA377	96.84	95	3	0	1356976	1357070	1	95	6e-38	159
srn_4610_sRNA377	96.81	94	3	0	2203680	2203773	94	1	2e-37	158
srn_4610_sRNA377	96.74	92	3	0	1680226	1680317	4	95	3e-36	154
srn_4610_sRNA377	95.65	92	4	0	1432191	1432282	95	4	1e-34	148
srn_4610_sRNA377	92.55	94	7	0	1980217	1980310	94	1	1e-30	135
srn_4610_sRNA377	94.37	71	4	0	1845470	1845540	25	95	6e-23	110
srn_1900_Sau15	100.00	92	0	0	822963	823054	1	92	3e-41	171
srn_4570_Teg27	98.90	91	1	0	2461381	2461471	1	91	4e-39	163
srn_3020_Teg65	100.00	82	0	0	1491044	1491125	1	82	1e-35	152
srn_0870_Teg38as	100.00	82	0	0	392451	392532	1	82	1e-35	152
srn_4290_sRNA348	100.00	79	0	0	2282366	2282444	1	79	5e-34	147
srn_1780_Sau66	98.73	79	1	0	756553	756631	1	79	2e-32	141
srn_4220_sRNA345	98.72	78	1	0	2246852	2246929	1	78	8e-32	139
srn_4220_sRNA345	100.00	60	0	0	2249495	2249554	28	87	2e-23	111
srn_4060_Sau6723	98.72	78	1	0	2157582	2157659	1	78	8e-32	139
srn_2610_Sau24	100.00	71	0	0	1234039	1234109	1	71	1e-29	132
srn_1930.5_rsaOF	98.59	71	1	0	1978585	1978655	1	71	6e-28	126
srn_1930.5_rsaOF	85.19	108	7	4	2124363	2124469	130	31	1e-20	102
srn_4680_Sau19	96.00	75	3	0	2509488	2509562	1	75	8e-27	122
srn_3710_Sau6799	98.53	68	1	0	1962630	1962697	1	68	3e-26	121
srn_4260_Sau30	100.00	64	0	0	2254198	2254261	1	64	1e-25	119
srn_4540_sprAs2	100.00	62	0	0	2456198	2456259	1	62	1e-24	115
srn_4540_sprAs2	96.77	62	2	0	2451977	2452038	1	62	3e-21	104
srn_1930.2_rsaOF	93.24	74	5	0	294147	294220	1	74	6e-23	110
srn_1930.2_rsaOF	98.28	58	1	0	2285964	2286021	68	11	1e-20	102
srn_0060_Sau65	100.00	58	0	0	22488	22545	1	58	2e-22	108
srn_4840_RsaOV	100.00	55	0	0	2605837	2605891	1	55	1e-20	102
srn_4170_Sau23	100.00	54	0	0	2219063	2219116	1	54	4e-20	100
srn_4530_sprAs2prime	98.18	55	1	0	2451981	2452035	1	55	5e-19	97.1
srn_1930.1_rsaOF	96.55	58	2	0	1664802	1664859	1	58	5e-19	97.1
srn_1930.1_rsaOF	92.73	55	3	1	783618	783672	57	4	2e-13	78.7
srn_1020_sRNA90	100.00	52	0	0	445983	446034	1	52	5e-19	97.1
srn_1060_Teg149	100.00	51	0	0	458738	458788	1	51	2e-18	95.3
srn_3770_Teg122	98.08	52	1	0	2028941	2028992	1	52	2e-17	91.6
srn_1460_sRNA128	100.00	47	0	0	581383	581429	1	47	3e-16	87.9
srn_1000_sRNA88	97.83	46	1	0	437322	437367	1	46	5e-14	80.5
srn_3820_SprX	100.00	39	0	0	1906735	1906773	1	39	8e-12	73.1